На территории Приханкайской низменности люди жили в течение нескольких тысячелетий, что подтверждается многочисленными предметами, найденными здесь при археологических раскопках. Охота, рыбная ловля и собирательство являлись с давних пор основными занятиями для местных жителей.

     Пришедшие в конце XIX века переселенцы из центральной России и Украины заняли под пашни и выпасы пригодные для земледелия и скотоводства участки низменности, при этом их влияние на окружающую среду было незначительно.

        Активное освоение территории Приханкайской низменности началось в середине XX века и связано с развитием сельского хозяйства. В настоящее время для территории Приханкайской низменности характерна высокая концентрация сельскохозяйственных предприятий, густая сеть коммуникационных путей, наличие большого числа поселений, развитие специализированных промышленных производств (добывающее и обрабатывающее), что привело к существенным изменениям в экосистеме Приханкайской низменности. Масштабное производство риса, достигшее своего расцвета в  60 – 80 годы прошлого столетия,  требовало применения химических удобрений и пестицидов. Впоследствии токсичные продукты попадали не только в прилегающие к рисовым чекам реки и болота, но и оказывались в озере Ханка. В итоге, уровень химического загрязнения почвы при рисосеянии достиг критических размеров и стал оказывать мощное негативное воздействие на окружающую природную среду. Значительно сократились  площади заболоченных участков, уменьшилось количество птиц, некоторые из них исчезли вовсе или стали  весьма редкими. Согласно «Экологической программе Приморского края» (1992 г.), Приханкайская низменность была объявлена зоной экологического бедствия.

уникальные экосистемы водно-болотных угодий  бассейна озера Ханка призван созданный здесь в 1990 году государственный природный заповедник «Ханкайский». Наряду с деятельностью заповедника положительным моментом для водно-болотных угодий Приханкайской низменности явилось резкое снижение в последние годы рисосеяния, уменьшение количества вносимых удобрений, а также сокращение объема промышленных стоков.

 

Из многолетних научных наблюдений следует, что основными причинами нарушения природного равновесия в водно-болотных угодьях оз. Ханка 

являются: сельскохозяйственное освоение земель, стрессовые ситуации, обусловленные шумовым воздействием технических средств, широкомасштабное загрязнение окружающей среды, вырубка леса в верховьях рек, впадающих в озеро, браконьерский и промышленный лов рыбы.

Наиболее существенным фактором воздействия на природу водно-болотных угодий заповедника остается загрязнение водного бассейна отходами деятельности промышленных, сельскохозяйственных предприятий.

Другим важным фактором, представляющим постоянную угрозу экосистемам заповедника, являются пожары. Существуют три основные причины их возникновения:

Так, в 2011-ом году на территории заповедника зарегистрирован один тростниковый пожар. Причина возгорания - переход пала с сопредельной территории. Площадь, пройденная огнем, составила 1150 гектаров.

В 2012-ом году произошло три пожара на территории заповедника, из которых два возникли по причине перехода пала с сопредельной территории, как следствие безответственного проведения сельскохозяйственных палов, обстоятельства еще одного природного пожара оказались не выявленными. Площадь, пройденная огнем, составила 2898 гектаров.

На сопредельных с заповедником территориях располагаются места традиционного массового отдыха местных жителей Приханкайской низменности и гостей побережья оз. Ханка. Зачастую по вине отдыхающих возникают пожары, наносящие невосполнимый вред природным комплексам и объектам заповедника, ликвидация которых в условиях непроходимой болотистой местности практически невозможна.  

В качестве локальных негативных воздействий на природу заповедника, прежде всего, следует отметить браконьерство, а также хозяйственную деятельность в охранной зоне без необходимого согласования. Территория заповедника располагается в сильно населенной местности. Ранее участки, впоследствии вошедшие в состав заповедника, использовались для охоты и рыбной ловли местным населением.

Планомерная природоохранная деятельность государственного природного заповедника «Ханкайский», а также присвоение ему в 2005 году биосферного статуса позволяет более рационально использовать природные ресурсы бассейна оз. Ханка и всесторонне развивать пути сотрудничества с местным населением, российской и международной общественностью в деле сохранения живой природы Приханкайской низменности.